SKRINING GEN-GEN PENGKODE KITINASE DARI Paenibacillus sp. YANG DIISOLASI DARI SUMBER AIR PANAS PRATAAN-TUBAN

Chrisnasari, Ruth (2016) SKRINING GEN-GEN PENGKODE KITINASE DARI Paenibacillus sp. YANG DIISOLASI DARI SUMBER AIR PANAS PRATAAN-TUBAN. Project Report. Fakultas Teknobiologi Universitas Surabaya, Surabaya. (Unpublished)

[img]
Preview
PDF
2. Laporan Akhir Hibah Kompetitif Ubaya_Abstrak_2016.pdf

Download (172Kb) | Preview
[img] PDF
2. Laporan Akhir Hibah Kompetitif Ubaya_2016.pdf
Restricted to Repository staff only

Download (3892Kb) | Request a copy

Abstract

Paenibacillus sp. isolat D merupakan salah satu bakteri penghasil kitinase termostabil yang berpotensi untuk digunakan di industri konversi kitin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tipe gen-gen pengkode kitinase yang ada pada Paenibacillus spp. dan dari tipe-tipe tersebut dapat dibuat degenerate primer untuk mendeteksi keberadaan gen-gen pengkode kitinase pada Paenibacillus sp. isolat D melalui teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Degenerate primer digunakan dengan mempertimbangkan adanya keterbatasan informasi mengenai sekuen lengkap dari genom isolat D, adanya codon bias, dan variabilitas pada daerah conserved gen pengkode kitinase. Pengelompokan hasil identifikasi gen-gen pengkode kitinase dari database Paenibacillus spp. di National Center of Biotechnology Information (NCBI) menunjukkan bahwa kitinase Paenibacillus spp. tersebar pada dua famili glikosil hidrolase (GH) yaitu GH18 dan GH19. Adapun sembilan kelompok conserved domain spesifik teridentifikasi dari kelompok GH18. Degenerate primer didesain dengan HYDEN dan Geneious R8 dari tiga kelompok domain terbesar. Tiga pasang degenerate primer yang diperoleh yaitu ChiA_8915_2, ChiD_5915_1, dan GH19_5915_1 digunakan untuk deteksi dengan PCR. Berdasarkan hasil analisis dengan teknik PCR menggunakan ketiga pasang primer degenerate dan hasil analisis sekuensing, keberadaan gen-gen pengkode kitinase pada Isolat D belum dapat ditentukan. Dari tiga pasang primer tersebut, hanya pasangan primer ChiA_8915_2 yang diketahui dapat mendeteksi gen pengkode kitinase yaitu pada domain target yaitu ChiA.

Item Type: Monograph (Project Report)
Uncontrolled Keywords: kitinase, domain ChiA, degenerate primer, Paenibacillus spp.
Subjects: Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions: Faculty of Technobiology > Department of Biology
Depositing User: Eko Setiawan 194014
Date Deposited: 22 Jun 2016 06:33
Last Modified: 22 Jun 2016 06:33
URI: http://repository.ubaya.ac.id/id/eprint/28012

Actions (login required)

View Item View Item